SMARTpool Reagents FAQ

siRNA配列デザインの成否は、デザインに使用するターゲット遺伝子の配列情報の正確さにかかっています。ターゲット配列にSNPや配列情報の誤りが存在するために、デザインしたsiRNAが十分な機能を示さないことがあります。siRNAをプール（混合）して使用するメリットは、あるsiRNAが遺伝子上の未知のSNP部分をターゲットとしていた場合に、他のsiRNAがそれを補うことができることです。SMARTpoolはより確実に遺伝子発現抑制能を発揮できるため、スクリーニングを目的としてsiRNAを使用するときは特に有効です。

SMARTpoolを用いることによりオフターゲット効果が大きくなることはありません。SMARTpoolでは、4種類のsiRNAをプールすることで個々のsiRNAの実効濃度を低くできるため、非特異的なオフターゲット効果を抑制することができます。

SMARTpool製品が期待通り（75％以上）の遺伝子発現抑制効果を示さない場合、細胞へのsiRNA導入効率が低いことが第一に考えられます。ポジティブコントロールsiRNAを用いてsiRNAの導入条件を至適化することをおすすめします。適切なコントロールを用いてトランスフェクション効率を至適化しても改善しない場合には、siRNA濃度や検出方法・検出の時間など、他の実験的な要因を検討することをおすすめします。

siRNA濃度：
siRNAのストック溶液は、濃度が20μMから100μMの間となるように調製し、260 nmにおける吸光度を分光光度計で測定することにより濃度の確認を行います。ストック溶液の濃度を確認した場合でも、トランスフェクション実験を行う際に実際に使用するsiRNA溶液の濃度を再測定して、見積りどおりの濃度にあることを確認してください。

mRNA発現レベルでの確認：
siRNAによるターゲットmRNAのノックダウンはRNAレベルの現象であるため、siRNAの機能性の評価方法としてはmRNA発現レベルの測定が最適です。mRNAの発現レベルは、トランスフェクション後24時間以内にたいてい減少しますが、ターゲット遺伝子によっては、48時間後あるいはそれ以上後で最大の減少が観察されることがあります。mRNA発現レベルの減少の時間経過に影響を与え得る要因としては、遺伝子の転写速度（プロモーターの強度）およびmRNAのターンオーバー速度（mRNAの安定性）などが挙げられます。

タンパク質レベルでの確認：
タンパク質の発現レベルを評価する場合は、使用する抗体の特異性を評価した上で、トランスフェクション後48時間から96時間あるいはそれ以上に渡って、発現レベルの時間経過を追跡することが不可欠です。発現レベルの時間経過は対象のタンパク質に依存します。タンパク質レベルの測定結果は、mRNA発現レベルでの測定結果とあわせて比較検討することをおすすめします。

SMARTpool siRNAを購入いただいたお客様には、製品に含まれる4種類のsiRNAの配列情報を製品とともにお届けします。

化学修飾の詳細情報は公開していません。siRNAの配列情報のみ製品に添付してお客様にお知らせしています。

siRNAの配列情報の公開については、お客様が論文発表のために使用する場合は制限がありません。しかし、第3者への情報提供を許可していません。siRNAライブラリーの1％以上の遺伝子の配列を印刷物あるいは電子情報として公表することは、サーモフィッシャーサイエンティフィックの許可書なしには禁止しています。許可を得るには、注文番号およびsiRNAライブラリーの製品コード、配列情報を記載する予定のジャーナル名をテクニカルサポート（info.bid.jp@thermofisher.com）宛てにお知らせください。サーモフィッシャーサイエンティフィックでは従来どおりsiRNA配列デザイン技術を保持しており、一部の配列については特許出願中です。しかしながら、これらの配列情報を用いてお客様が生み出す発明や発見については、それらの権利は全てお客様のものとなります。

論文の「実験方法」のセクションに、製品名、製品コードを記載することをおすすめしています。必要に応じて配列情報も含めるようにしてください。 例えば、ON-TARGETplus SMARTpool siRNA reagent, Catalog # L-004253-00, Thermo Fisher Scientific, Lafayette. CO)

siGENOME SMARTpoolおよびON-TARGETplus SMARTpoolでは、mRNAレベルで75%以上の遺伝子発現抑制を機能保証します。また、siGENOME Set of 4およびON-TARGETplus Set of 4 （Upgrade含む）では、4種類のうちの3種類のsiRNAについて、mRNAレベルで75%以上の遺伝子発現抑制を機能保証します。
機能保証は、siRNAが最適な条件で細胞にトランスフェクションされていることがポジティブコントロールsiRNA（遺伝子発現抑制が十分に高いsiRNA）により確認されている同一の実験において、100 nM濃度のsiRNAをトランスフェクションして24時間後および48時間後のmRNAレベルの解析結果が対象となります。
これらの条件を満たした上で、mRNAの発現抑制が75%に満たない場合には、1回に限り交換品を提供いたします。機能保証の適用にあたってはこれらの実験条件、結果等を詳細に確認させていただきますのであらかじめご了承願います。